Islamska zajednica u Hrvatskoj je javna, jedinstvena i samostalna vjerska organizacija građana koji slobodno ispovijedaju svoju vjeru Islam, temeljeći svoju autonomnost na Zakonu o priznavanju islamske vjeroispovijesti u kraljevinama Hrvatskoj i Slavoniji od 27. travnja 1916. godine.
Organizacijsku strukturu Islamsku zajednicu u Hrvatskoj čine: Sabor Islamske zajednice u Hrvatskoj, Mešihat Islamske zajednice u Hrvatskoj, Muftija zagrebački i Islamska gimnazija dr. Ahmeda Smajlovića

Sabor Islamske zajednice u Hrvatskoj je najviše predstavničko i zakonodavno tijelo Islamske zajednice koji u svom radu slijedi princip islamske šure.

Mešihat Islamske zajednice u Hrvatskoj je najviši vjerski i administrativni organ Islamske zajednice. Mešihat sačinjavaju predsjednik Mešihata i 10 (deset) članova.

Predsjednik Mešihata vjerski je poglavar i Muftija Islamske zajednice u Hrvatskoj. U ovom mandatnom razdoblju (2012.-2019) predsjednik Mešihata Islamske zajednice u Hrvatskoj je muftija prof. dr. Aziz ef. Hasanović.

Medžlis Islamske zajednice je osnovna organizacijska jedinica Islamske zajednice i obuhvaća pripadnike Islamske zajednice određenog područja koji čine povezanu cjelinu. O funkcioniranju medžlisa brine se Izvršni odbor medžlisa na čijem su čelu predsjednik medžlisa i glavni imam. Islamska zajednica u Hrvatskoj ima 15 medžlisa.

Džema’at kao manji skup muslimana (džema’atlija) određenog područja, okupljenih radi obavljanja namaza i vršenja vjerskih dužnosti, kao i radi neposrednog ostvarivanja prava i dužnosti određenih Statutom IZ. Džemat je niža organizacijska jedinica u okviru medžlisa.

Islamska gimnazija dr. Ahmeda Smajlovića je islamska srednja škola koja je verificirana kod Ministarstva obrazovanja i sporta R. Hrvatske kao srednja škola s pravom javnosti. Kao Zagrebačka medresa “Dr. Ahmed Smajlović” započela je s radom školske 1992./93. godine i do sada ju je završilo 18 naraštaja. Gimnazija ima četiri mješovita odjeljenja sa stotinjak učenika i učenica.